فیلم سینمایی مرد عنکبوتی ۳

دو سال بعد از تبدیل شدن به مرد عنکبوتی، پیتر پارکر هم‌اکنون در یک دانشگاه مشغول تحصیل است. او از پرداخت اجاره خانه اش ناتوان است و نمراتش در دانشگاه پایین است. پیتر هم با معشوقه اش مری جین و هم با دوستش هری رابطه نسبتاً سردی دارد. هری که اکنون رئیس بخش تحقیقات ژنتیک و علمی شرکت آزکورپ است، حامی مالی یک پروژه قدرت همجوشی توسط آتو اکتاویوس است. پیتر با آتو ملاقات می‌کند و با او گفتگویی علمی و دوستانه دارد.

در جریان یک نمایش عمومی که پیتر و هری در آن شرکت می‌کنند. اکتاویوس در حال کار کردن با موادی خطرناک، بازوهای قدرتمند روباتیک دارای هوش مصنوعی را به خود متصل می‌کند. اما اندکی بعد یک جهش قدرت باعث بی‌ثباتی راکتور همجوشی می‌شود. اکتاویوس حاضر به قطع کردن راکتور نمی‌شود و در نتیجه راکتور وارد مرحله ای بحرانی می‌شود و باعث مرگ همسر اکتاویوس و از بین رفتن تراشه بازدارنده ای که بازوها را از دسترسی به سیستم عصبی او بازمی‌دارد می‌شود. در نهایت مرد عنکبوتی موفق به قطع کردن کابل‌های راکتور می‌شود و به ویرانی‌های ناشی از آن پایان می‌دهد. در یک بیمارستان، دکترها آماده می‌شوند که با جراحی بازوهای اکتاویوس را از او جدا کنند، اما بدون تراشه بازدارنده بازوها اکنون هوشیار شده‌اند و با کشتن دکترها از خود دفاع می‌کنند. بعد از فرار از بیمارستان اکتاویوس به یک اسکله پناه می‌برد. او که اکنون توسط هوش مصنوعی بازوها فاسد شده‌است تصمیم می‌گیرد آزمایش خود را دوباره انجام دهد و برای تأمین مالی این کار به یک بانک دستبرد می‌زند. روزنامه دیلی بیوگل به او لقب دکتر اختاپوس را می‌دهد.

مری جین با یک فضانورد به نام جان جیمسون (پسر جیمز جونا جیمسون) نامزد می‌شود. پیتر به خاطر ناتوانی اش در کنترل زندگی اش، دچار یک فروپاشی عاطفی می‌شود و استرس زندگی اش به تدریج او را از قدرت‌هایش سلب می‌کند. به این ترتیب پیتر از مرد عنکبوتی بودن دست می‌کشد و به زندگی عادی بازمی‌گردد، او همچنین سعی می‌کند دوباره نظر مری جین را بخود جلب کند. او همچنین بالاخره واقعیت را در مورد مرگ عمو بن به زن‌عمو می می‌گوید. زن عمو می او را می‌بخشد ولی افزایش جرم و جنایت در شهر پیتر را نگران می‌کند.

اکتاویوس که برای راه اندازی مجدد راکتور به ایزوتوپی قیمتی به نام تریتیوم نیاز دارد، به خانه هری می‌رود و او را تهدید به مرگ می‌کند تا به تریتیوم دست پیدا کند. هری از ترس جانش با این شرط که موافقت می‌کند که اکتاویوس مرد عنکبوتی را زنده برای او بیاورد. هری همچنین به او می‌گوید که برای یافتن مرد عنکبوتی اول باید دوست او پیتر پارکر را پیدا کند، ولی در آخر به او می‌گوید به پیتر آسیبی نرساند. کمی بعد اکتاویوس پیتر را پیدا می‌کند و او را تهدید می‌کند که اگر مرد عنکبوتی را پیدا نکند، مری جین را به طرز فجیعی به قتل می‌رساند. اکتاویوس مری جین را به اسارت می‌گیرد و به خطر افتادن زندگی او باعث می‌شود که پیتر قدرت‌های خود را باز یابد.

این دو در جریان مبارزهٔ خود، روی یک قطار سریع نیویورک سقوط می‌کنند. اکتاویوس ترمز قطار را از کار می‌اندازد و پیتر را رها می‌کند تا قطار را متوقف کند، کاری که پیتر با سختی و تحلیل جسمی فراوان موفق به انجامش می‌شود. اکتاویوس بدن تضعیف شده و بیهوش پیتر را به هری آزبورن تحویل می‌دهد. هری آماده کشتن مرد عنکبوتی است اما بعد از دیدن چهره پیتر زیر ماسک، به شدت شوکه می‌شود. پیتر او را متقاعد می‌کند که فعلاً مشکلاتشان را کنار بگذارد و مکان مخفیگاه اکتاویوس را برای او فاش کند. پیتر و اکتاویوس دوباره با هم می‌جنگند ولی اینبار واکنش هسته ای کل شهر را به خطر می‌اندازد. پیتر هویتش را برای اکتاویوس برملا می‌کند و او را قانع می‌کند که آرزویش را برای امنیت شهر رها کند. اکتاویوس به بازوهایش دستور می‌دهد تا پیتر را رها کنند و از او اطاعت کنند، او سپس خود را غرق می‌کند تا آزمایشش نیز با او غرق شود. مری جین از هویت واقعی مرد عنکبوتی مطلع می‌شود و پیتر این هویت پنهان را دلیل این که آن‌ها هیچ‌وقت نمی‌توانند با هم باشند، عنوان می‌کند.

در این هنگام، هری با توهمی از پدرش مواجه می‌شود که با خشم از او طلب می‌کند تا انتقام مرگ او را بگیرد، اما هری حاضر نیست به پیتر آسیب بزند و با عصبانیت آینه را خرد می‌کند. به این ترتیب او به‌طور تصادفی، اتاق منفی شامل تجهیزات جن سبز پدرش را پیدا می‌کند. در روز برگزاری عروسی، مری جین جان را در آستانه ازدواج رها می‌کند و به آپارتمان پیتر می‌رود. بعد از بوسیدن یکدیگر، آن‌ها صدای آژیر پلیس را می‌شوند و مری جین او را تشویق می‌کند که در لباس مرد عنکبوتی به آن‌ها کمک کند.