آموزش بیوانفورماتیکی STRING | ساخت شبکه تعاملات پروتئین-پروتئین و اکسپورت به Cytoscape

ویدئوهای من را تا انتها ببینید و در انتها سابسکرایب کنید @‌zis-land-learn

در این ویدئو، نحوه کار با پایگاه داده STRING برای ساخت شبکه تعاملات پروتئین-پروتئین (PPI) را یاد می‌گیرید. سپس، این شبکه را با استفاده از افزونه StringApp به نرم‌افزار Cytoscape صادر می‌کنیم تا تحلیل‌های پیشرفته‌تری انجام شود. این ویدئو قسمت چهارم از مجموعه آموزشی است که در ویدئوهای قبلی به نصب و استفاده از StringApp پرداخته‌ایم.

سرفصل‌ها
1. معرفی پایگاه داده STRING
توضیح کلی در مورد STRING و کاربرد آن
اهمیت شبکه‌های PPI در تحقیقات زیستی

2. ساخت شبکه تعاملات پروتئین-پروتئین
نحوه جستجوی پروتئین‌ها
تنظیمات شبکه در پایگاه داده

3. نحوه استفاده از StringApp برای صادرات شبکه به Cytoscape
نصب و راه‌اندازی StringApp
وارد کردن شبکه PPI به Cytoscape

4. آماده‌سازی شبکه در Cytoscape برای تحلیل پیشرفته
تنظیمات نمایش شبکه
فیلتر کردن داده‌ها

How to Work with STRING Database to Construct Protein-Protein Interaction Networks and Export Them to Cytoscape - Part 4

Deion:

In this video, learn how to use the STRING database to construct protein-protein interaction (PPI) networks. Then, export the PPI network to Cytoscape software using the StringApp plugin, as described in previous videos. This tutorial is Part 4 of the series.